Le package data.table s’avère très efficace pour la manipulation de données, en temps et mémoire. Il permet en particulier de traiter avec R d’importants volumes de données.
Pour plus d’infos : https://rdatatable.gitlab.io/data.table/
Prochaine session : 21 novembre 2023.
Prérequis: La formation s’adresse à des utilisateurs réguliers de R.
Notions abordées :
- Benchmark
- Syntaxe du package
- Points forts du package et points de vigilence
- Modification des objets R par référence
Intervenants: Elise Maigne et Marion Aguirrebengoa
Durée: 1 jour.
Coût : Académiques : 150€ HT / jour – Secteur privé : 300€ HT / jour – Agents INRAe Toulouse : nous contacter
Cette formation est organisée en coordination avec
L’objectif de cette formation est d’apprendre les bases de la programmation R « tidy » (suite de packages tidyverse). Cette formation n’inclut pas ggplot2, qui fait partie de tidyverse et qui est l’objet d’une formation spécifique.
Prochaine session : 15 mai 2023 à INRAE Auzeville, salle de formation du bâtiment C8/MIAT. Pour s’inscrire : remplir ce formulaire.
Pré-requis : Bonnes bases de programmation R (base)
Notions abordées :
- la syntaxe tidyverse
- en particulier : dplyr, tidyr
Intervenants : David Rengel (IPBS) et Yannick Lippi (INRAe, GeT-TriX)
Durée de la formation : 1 jour
Coût : Académiques : 150€ HT / jour – Secteur privé : 300€ HT / jour – Agents INRAe Toulouse : nous contacter
Cette formation est organisée en coordination avec
La formation a pour objectif l’apprentissage de l’utilisation du package ggplot2 pour la création des graphiques sous R. La journée sera axée sur les exemples et la pratique avec pour objectif la compréhension des grands principes d’utilisation et l’acquisition des notions de base pour rentrer dans l’utilisation de ces outils.
Prochaine session : 9 juin 2023 à INRAE Auzeville, salle de formation du bâtiment C8/MIAT. Inscription à ce lien.
Pré-requis : La formation s’adresse à des utilisateurs réguliers de R. Une connaissance de la programmation « tidy » serait un plus mais n’est pas indispensable.
Notions abordées :
- utilisation du package R ggplot2
Intervenants : Vincent Rocher (CBI) et Sébastien Déjean (Université Paul Sabatier, IMT)
Durée de la formation : 1 jour
Coût : Académiques : 150€ HT / jour – Secteur privé : 300€ HT / jour – Agents INRAe Toulouse : nous contacter
Cette formation est organisée en coordination avec
L’objectif de cette formation est la découverte des packages mixOmics et mixKernel (logiciel R) et des analyses statistiques multivariées qu’ils permettent de réaliser pour l’exploration d’un ‘omique et l’intégration de plusieurs ‘omiques (transcriptomique, métabolomique, protéomique, …).
Prochaine session : 19-20 juin 2023 à INRAE Auzeville, salle de formation du bâtiment C8/MIAT, si les conditions sanitaires le permettent. Pour s’inscrire,. Pour s’incrire, remplir ce formulaire.
Pré-requis : Bases en statistique et programmation R.
Notions abordées :
- Analyse multivariée non supervisée (ACP)
- Analyse multivariée supervisée (PLS-DA)
- Analyse multivariée intégrative (PLS, CCA, multi-blocs)
- Méthodes parcimonieuses pour la sélection de variables
- Analyse multi-tableaux à noyau (ACP à noyau)
Intervenants : Sébastien Déjean (Université Paul Sabatier, IMT), David Rengel (CNRS, IPBS) et Jérôme Mariette (INRAe, MIAT)
Durée de la formation : 2 jours
Coût : Académiques : 500€ HT – Secteur privé : 1000€ HT – Agents INRAe Toulouse : nous contacter
Cette formation est organisée en coordination avec
La formation s’adresse à des personnes qui ont un niveau initié et veulent approfondir leurs connaissances en statistique. Elle est orientée vers la compréhension des bases de la modélisation statistique.
Prochaine session :Dates à venir en 2024. La formation aura lieu à INRAE Auzeville, salle de formation du MIAT. Pour s’inscrire, remplir ce formulaire.
Pré-requis : Au moins le niveau de la formation « Initiation à la statistique avec R » et une connaissance du langage de programmation R.
Notions abordées :
- modèle linéaire et tests
- modèle linéaire généralisé
Intervenants : Cathy Maugis-Rabusseau (INSA Toulouse, IMT)
Durée de la formation : 2 jours
Coût : Académiques : 150€ HT / jour – Secteur privé : 300€ HT / jour – Agents INRAe Toulouse : nous contacter
Cette formation est organisée en coordination avec
La formation a pour objectif la mise en œuvre pratique, avec R (librairie Keras), d’approches de machine learning et de deep learning pour résoudre des problèmes d’apprentissage automatique rencontrées en biologie moléculaire et génétique humaine.
Prochaine session :Dates à venir pour 2023. La formation aura lieu à INRAE Auzeville, salle de formation du MIAT. Pour s’inscrire, remplir ce formulaire.
Pré-requis : La formation s’adresse à des utilisateurs réguliers de R.
Notions abordées :
- Day 1 : Predict regulatory elements with ML and DeepL with machine learning approaches (SVM, K-mers, GLM, random forests) (3h) and with Deep Learning approaches (CNN, model interpretation) (3h)
- Day 2: Application to human genetics: SNPs from Genome-Wide Association Studies, and expression quantitative trait loci (eQTL or eSNP), Prediction of SNP effect using deep learning for variant prioritization and understanding of biological mechanisms (3h)
Intervenants : Raphaël Mourad (CBI, Université Toulouse 3, actuellement en délégation à MIAT-MathNum)
Durée de la formation : 1,5 jour
Horaire: 9h-17h (J1); 9h-12h (J2)
Coût : Académiques : 150€ HT / jour – Secteur privé : 300€ HT / jour – Agents INRAe Toulouse : nous contacter
Cette formation est organisée en coordination avec
La formation a pour objectif de présenter le package R shiny et la réalisation d’interface web à travers lui.
Prochaine session : 19, 20 et 21 avril 2023.
Pré-requis : La formation s’adresse à des utilisateurs réguliers de R.
Notions abordées :
- introduction à shiny
- inputs, outputs, réactivité, déploiement
- packages utiles autour de shiny (shinydashboard, shinyjs, …)
- mise en œuvre pour monter son application shiny de A à Z
Intervenants : Élise Maigné (INRAe, MIAT) et Pierre Neuvial (UPS, IMT)
Durée de la formation : 2,5 jours
Coût : Académiques : 150€ HT / jour – Secteur privé : 300€ HT / jour – Agents INRAe Toulouse : nous contacter
Cette formation est organisée en coordination avec
La formation a pour objectif de rappeler les bases de la statistique descriptive et inférentielle. Elle s’adresse à des débutants qui veulent reprendre les bases ou consolider leurs connaissances en statistique. La formation est proposée en deux versions :
- une version pour les débutants qui ne sont pas à l’aise avec la programmation (2 jours) : la mise en œuvre se fait via une interface graphique « clic bouton » R Commander – pas de prochaine session programmée
- avec ASTERICS : une version pour les débutants qui ne sont pas à l’aise avec la programmation (2 jours) : la mise en œuvre se fait via l’application web ASTERICS et cette version va également un peu plus loin au niveau statistique que la version avec R Commander, en présentant quelques analyses multivariées (classification non supervisée et ACP) – prochaine session programmée à l’automne 2023 (16-17 novembre 2023) à INRAE Auzeville, salle de formation du bâtiment C8/MIAT.
- avec R : une version pour les personnes qui souhaitent mettre en œuvre avec R (3 jours) : cette version va également un peu plus loin au niveau statistique que la version avec R Commander, en présentant quelques analyses multivariées (classification non supervisée et ACP) – prochaine session programmée du 20 au 22 mars 2023 à INRAE Auzeville, salle de formation du bâtiment C8/MIAT. Pour s’inscrire : remplir ce formulaire.
Pré-requis : aucun pour la version « avec ASTERICS » (le module s’adresse aux débutants) ; niveau basique en programmation R pour la version « avec R » (le module s’adresse aux débutants en statistique mais qui programme déjà un peu sous R).
Notions abordées :
- statistique descriptive uni- et bi-dimensionnelle (moyenne, variance, caractéristiques de tendance centrale et de dispersion, corrélation, …)
- graphiques statistiques uni- et bi-dimensionnels
- intervalles de confiance et tests de base (Student, Wilcoxon, χ², Fisher, …)
- régression linéaire et introduction basique au modèle linéaire
- pour les versions « avec ASTERICS » et « avec R » seulement : ACP et classification non supervisée (classification hiérarchique, k-means)
- pour les versions « avec R » seulement : programmation R (base) orientée statistique et RStudio
Intervenants : Nathalie Vialaneix (INRAE, MIAT), Sandrine Laguerre (INRAE, TBI)
Durée de la formation : 2 jours (version 1) ou 3 jours (versions 2 et 3)
Coût : Académiques : 150€ HT / jour – Secteur privé : 300€ HT / jour – Agents INRAE Toulouse : nous contacter
Cette formation est organisée en coordination avec
La formation a pour objectif de présenter les bases de la programmation R. Elle s’adresse aux débutants.
Prochaine session : 6-7 mars 2023 à INRAE Auzeville, salle de formation du bâtiment C8/MIAT. Pour s’inscrire, remplir ce formulaire.
Pré-requis : aucun. Le module s’adresse aux débutants.
Notions abordées :
- Initiation et familiarisation avec l’interface RStudio
- Installation et utilisation des bibliothèques R
- Structures de données et manipulation des objets R
- Introduction au langage de programmation : boucle, conditionnement…
- Initiation et sensibilisation aux données propres (tidy data)
- Graphiques élémentaires avec R
- Statistiques élémentaires avec R
Intervenants : David Rengel (CNRS, IPBS) et Yannick Lippi (INRAe, GeT-TriX)
Durée de la formation : 2 jours
Coût : Académiques : 150€ HT / jour – Secteur privé : 300€ HT / jour – Agents INRAe Toulouse : nous contacter
Cette formation est organisée en coordination avec
